Jonathan est un bon soldat de l'armée rouge. C'est d'ailleurs ce que Naked Snake lui dit, lors de leur rencontre musclée. Jonathan devient le premier membre de leurs recrues, que Snake et Roy Campbell "embauche" à l'arrière de leur camion, peu après leur évasion. Jonathan leur explique que lui est ses compagnon suivent Gene de leur plein gré. Et qu'en aucun cas, ils n'ont subit un "lavage de cerveau". Il explique que le Kremlin a volontairement "effacé" de la carte cette base secrète de la péninsule de St Hieronymo. Parce que si la Maison Blanche venait à apprendre son existence, une nouvelle guerre serait sans doute inévitable. Du coup, les soldats présents sur la base ont perdu tout contact avec le monde extérieur, et surtout avec leurs familles. C'est alors que Gene est arrivé avec son unité rebelle. Il leur a promis de créer une nation pour les soldats, et de leur rendre leur dignité perdue, à condition cependant de se joindre à ses rangs. En instaurant la peur, Gene ne laissait pas le choix aux plus indécis. Jonathan devient au fil de l'aventure, un véritable ami pour Snake. Il fait d'ailleurs partie de l'équipe venue le secourir aveuglément, prisonnier de Gene et de ses sbires. Dans le hangar où est entreposé le Metal Gear RAXA, Jonathan se fait tuer à la place de Snake, voulant sauver son ami.





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