"Sur un champs de bataille, un nom ne signifie rien; au bout d'une semaine, plus personne n'a de nom". On ne connait pas le véritable nom du futur Big Boss. Toute fois, il se fait appelé Jack et John. Sa date et son lieu de naissance sont également tenus secrets. On sait juste qu'il est américain d'origine japonaise. Snake fait partie de Fox, une unité spéciale d'intervention qui agit dans des situations très périlleuses dans le plus grand secret. Il a été le disciple de The Boss avec qui il a une relation très forte. A deux, ils ont inventé le CQC (Close Quarters Combat), le combat corps à corps. Snake a travaillé dans le passé, pour la CIA et a été Béret Vert. Il est donc loin d'être un bleu, les milieux hostiles et la survie ça le connait !
Son surnom lui a été donné pars son commandant, Major Tom, lors de sa mission en territoire soviétique où il devait libérer et escorter un otage d'importance, le scientifique Nicolai Sokolov. Ne pouvant pas porter sur lui un équipement qui trahirait sa nationalité si sa mission échouerait, Naked Snake ne devait compter que sur lui même, évitant dans ce cas tout incident diplomatique entre l'URSS et les USA. Il était donc aussi nu qu'un serpent dans l'immensité de la jungle.

Lors de cette mission, Snake fût le premier à effectuer le saut "Halo" qui est un saut en très haute altitude dont l'ouverture du parachute se fait en basse altitude, évitant de se faire repéré par l'ennemi.
Le bandana légendaire de Snake appartenait originellement à The Boss. Lorsqu'il appris qu'elle passa du côté de l'ennemi, Snake lui arracha son bandana pendant un combat, avant de faire une dangereuse chute.

C'est pendant cette mission, que Snake perdra également l'usage de son oeil droit, lors d'une séance de torture avec Volgin. Naked Snake devait à tout prix arrêter son tortionnaire et son horrible grande soif de pouvoir. Aidé d'Eva, ancien agent de la NSA travaillant pour le KGB, Snake détruit le Shagohod, l'arme de destruction massive que Volgin s'était sauvagement emparé.
Malgré cette victoire, la mission se termina par un terrible goût d'amertume. Naked Snake devait se battre contre son ancien mentor, The Boss, celle qui fut tout pour lui. C'est depuis ce combat, que Naked Snake reçu le titre de Big Boss, l'homme légendaire qui vaincu The Boss, la "mère" des forces spéciales modernes. Dans cette douleur, Snake appris par la suite que The Boss n'avait pas vraiment trahis son pays. Il s'agissait en fait de sa dernière mission. Même sa propre mort que lui donnerait Snake était prévue depuis le début. Et pour couronner le tout, il eu la détestable surprise qu'Eva était n'est qu'un agent chinois travaillant pour les Philosophes. Cependant, elle est partie les mains vides, sans le savoir.

Dégoûté, Snake quitte Fox, malgré tous les honneurs qu'il a reçus. De plus, il ne supporte pas être appelé Big Boss parce qu'il pense ne pas être digne de porter ce titre.

Mais six ans plus tard, Naked Snake se réveille dans une cellule sur la péninsule de St Hieronymo, mieux connue sous le nom de "Peninsula de los Muertos" en Amérique du Sud. Il est suspecté d'être à l'origine de la révolte avec FOX. Seul un homme de cette trempe est capable d'organiser ce genre de piraterie. Persuadé que Naked Snake sait quelque chose, Cunningham, l'un des membres de l'Unité Fox maintenant corrompue, lui demande plusieurs fois avec violence où se trouve l'autre moitié de l'héritage des Philosophes.
Cependant Snake parvint à s'échapper avec Roy Campbell, un compagnon de cellule. Ensemble, ils vont réduire à néant les plans machiavéliques de Gene, le véritable responsable de la rébellion. Lorsque le Metal Gear que Gene s'était emparé est détruit, Snake reçu une nouvelle fois tous les honneurs, et succède à Zero pour le commandement de Foxhound.

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